В течение 16-ти лет с момента принятия на вооружение истребителя-бомбардировщика , он словно взрослеющее чадо, регулярно прибавлял в весе. Западные журналисты скрупулезно подсчитали: средняя прибавка составляла килограмм в неделю. Дополнительная масса приходилась, главным образом, на различные электронные системы, в то время как тяга двигателей оставалась прежней. В перспективе "взросление" самолета обещало иметь продолжение. С такими темпами роста, по мнению представителей ВМС США, баланс между массой истребителя-бомбардировщика и его летными характеристиками будет нарушен к 2001 г. Вопрос о кардинальной модернизации планера и силовой установки самолета встал ребром еще в конце 80-х годов. Разработка варианта, получившего обозначение F/A-18E/F "Супер Хорнет", пришлась на смутный период развития американской морской авиации; в ней, как в капле воды, отразитесь определяющее влияние политики на развитие военной техники в целом. В июле 1987 Пентагон выпустил требования к "промежуточному" истребителю-бомбардировщику, основным тактическим истребителем должен был стать морской вариант NATF (NAVY ATF) самолета ATF (Advanced Tactical Fighter - перспективный тактический истребитель), а ударным - "стелсообразный" А-12. В роли "промежуточной" машины моряки видели модернизированные F/A-18 или F-16, поскольку ни А-12, ни NATF не могли быть приняты на вооружение ранее начала XXI века.

Ответом фирмы Макдоннелл-Дуглас на запрос министерства обороны стал глубоко модифицированный F/A-18 "Конфигурации IV", известный также как "Хорнет 2000". Проект предусматривал увеличение геометрических размеров фюзеляжа, крыла и установку более мощных, нежели ГТД Дженерал Электрик F404, двигателей. Самое главное - менялась аэродинамическая схема машины. "Хорнет 2000" проектировался по схеме "утка" с передним расположением горизонтального оперения. Работы по проекту продолжались вплоть до 1990 г., пока в ВМС не началась масштабная ревизия всех авиационных программ. Ревизия эта была напрямую связана с изменением политической ситуации в мире, вызванной развалом советской военной мощи, и, как следствие, сокращением военных расходов. Везунчиком оказался F/A-18. Сначала было объявлено о замене NATF на F-14D, а А-12 - модернизированным A-6F. Вскоре пересмотрели и этот план: в 1992 г. ВВС и ВМС предпочли многоцелевой АTF-X - развитие NATF; в то же время разработка модернизированного варианта F/A-18 не прекращалась. Военные настаивали на возможно более скором принятии на вооружение усовершенствованного "Хорнета" и отвергли "Конфигурацию IV", как слишком амбициозную. До июня 1992 г шло согласование проекта; в конечном итоге остановились на увеличенном варианте F/A-18C/D, подобный подход обещал экономию времени и средств. Альтернативой "Супер Хорнету" была программа модернизации F-14, которую на всех уровнях лоббировали менеджеры фирмы Грумман. Выбор изделия Макдоннелл-Дуглас объясняется прежде всего более низкой стоимостью модернизации и меньшим техническим риском.

Окончательная программа развития авиации, принятая Пентагоном в 1993 г., предусматривает осуществление трех масштабных проектов - F-22, JSF и F/A-18E/F. Будущее авиакрыло авианосца будет строиться вокруг самолетов F/A-18E/F и JSF. ВМС планировалось передать 1 000 "Супер Хорнетов", в 1997 г. их количество уменьшили до 548, с оговоркой об увеличении числа планируемых к постройке самолетов до 748 в случае задержки с осуществлением программы самолета JSF (если тот не поступит на вооружение в 2008 г.). Для постройки "Супер Хорнетов" на авиазаводе в Сент-Луисе была специально организована новая сборочная линия. Выкатка первого опытного F/A-18 Е состоялась 18 сентября 1995 г., а 29 ноября того же года он совершил первый полет. В феврале 1996 г. самолет передали в испытательный центр авиации ВМС в Патуксен-Ривер. В трехлетней испытательной программе участвовали семь машин: пять одноместных F/A-18E и два двухместных F/A-18F, все они поступили в Патуксен-Ривер в 1996 г. Самолеты облетывали десять летчиков-испытателей: пять "фирменных" и пять военных. Ожидается, что первое подразделение ВМС, оснащенное "Супер Хорнетами", достигнет состояния первоначальной оперативной готовности в 2001 г. (интересно отметить, что первая эскадрилья, вооруженная F-22, будет способна вести боевые действия в 2004 г , так что отказ от варианта NATF был вызван не сроком принятия на вооружение или техническими причинами, а экономией финансовых средств наряду с традиционной "дружбой" ВВС и ВМС США).