Як-25МШ. В 1957 г. на базе Як-25М путем снятия вооружения, РЛС, большей части оборудования и установки аппаратуры радиоуправления и исполнительных механизмов был получен беспилотный самолет-мишень Як-25МШ. Управление им осуществлялось с летящего рядом самолета. Серийно Як-25МШ не строился, но после снятия с вооружения Як-25/25М часть из них была переоборудована подобным образом.

Як-25Л. Немало Як-25 использовались для отработки в воздухе различных систем и агрегатов. Один из первых серийных перехватчиков был переоборудован в лабораторию Як-25Л (бортовой номер 01) для испытания катапультируемых кресел, стреляющих механизмов и высотного снаряжения экипажа. При этом двухместную кабину разделили на две одноместные, а на консолях крыла установили киноаппаратуру. Для безопасности катапультирования фонарь задней кабины отсутствовал. На самолете с бортовым номером 18 испытывали систему аварийного сброса фонаря. На машине с бортовым 21 отрабатывали элементы ПОС силовой установки бомбардировщиков Як-28И/28Л. Для этого передние части гондол штатных РД-5А удлинили по аналогии с гондолами двигателей Р-11АФ2-300, а в носовой части самолета с правой стороны закрепили водораспыливающую решетку. Применялись Як-25 и для доводки новых двигателей, в основном тех, которые предполагалось устанавливать на дальнейших модификациях машины.

Як-25Р. Параллельно с перехватчиком разрабатывался фронтовой разведчик Як-125. По конструкции эти самолеты отличались незначительно. Так как РЛС на Як-125 отсутствовала, его носовой обтекатель выполнили металлическим. Для размещения громоздкого фотооборудования НЧФ пришлось несколько удлинить. На самолете разместили две АКАФУ с аэрофотоаппаратами АФА-33/100М, АФА-33/75М и АФА-33/50М, предназначенными для планового двухмаршрутного, трехмаршругного и четырехмаршрутного фотографирования с шириной захвата от 3 до 8 км на высотах от 2 800 до 15 000 м. Еще одну подвижную фотоустановку под АФА-33/75М и АФА-22/50М установили для перспективного фотографирования с возможностью съемки как с левого, так и с правого бортов. Командные приборы управления фотоустановками и фотолюками установили в кабине штурмана. Пол кабины штурмана был оборудован смотровым окном, кроме того, вести наблюдение за объектами фотографирования штурман мог с помощью оптического прицела ОБП-1Р. Состав оборудования разведчика мало отличался от установленного на перехватчике. Вооружение самолета состояло из одной пушки HP-23 по правому борту с боезапасом 80 снарядов. Прицеливание осуществлял пилот через коллиматорный прицел ПКИ. Запас топлива в четырех фюзеляжных баках составлял 3 925 л. Под фюзеляжем предусматривалась установка ПТБ на 675 л. Эскизный проект и основные расчеты разведчика закончили осенью 1951 г., а макет НЧФ предъявили комиссии ВВС в декабре, одновременно с макетом перехватчика. Заводские испытания опытного Як-125 с двигателями АМ-5 начались 26 августа 1952 г. и завершились 3 октября 1953 г. За это время, по данным заводского отчета, на разведчике было выполнено 79 полетов общей продолжительностью 83 ч 25 мин. Испытания проводил В.М.Волков, облетывали самолет также летчики-испытатели ЛИИ С.Н.Анохин и Я.И.Берников.

Нормальный взлетный вес Як-125 с ПТБ составлял 9630 кг. Были зафиксированы следующие ЛТХ: максимальная скорость на высоте 3 000 м - 1 120 км/ч, на 10 000 м -1 075 км/ч, практический потолок - 15 000 м, дальность с подвесным баком - 3 600 км, а продолжительность полета - 4 ч 25 мин. Госиспытания Як-125 в ГК НИИ ВВС проходили всего два месяца: с 25 декабря 1953 г. по 26 февраля 1954 г. Нормальный полетный вес уменьшили за счет снятия ПТБ до 9177 кг. На высоте 5 000 м максимальная скорость достигла 1 110 км/ч, а на 10 000 м - 1 052 км/ч, т.е. она на 60 км/ч превышала аналогичные показатели МиГ-15Рбис и на 230 км/ч - Ил-28Р. Техническая дальность полета с подвесным баком на высоте 12 000 м составляла 3 040 км (у МиГ-15Рбис - 2 020 км, у Ил-28Р - 3 150 км). Практический потолок с полной заправкой без ПТБ - 14 140 м (у МиГ-15Рбис и Ил-28Р - соответственно 15 700 и 12 500 м). По возможностям разведывательной аппаратуры Як-125 и Ил-28Р были примерно равны. Государственная комиссия признала, что хотя по комплексу летных данных Як-125 превосходил названные фронтовые разведчики, но обладал существенным недостатком - из-за увеличившейся длины НЧФ обзор вперед-вниз для пилота ухудшился, а наблюдаемое штурманом через смотровое окно и оптический прицел пространство было очень ограниченно. Поэтому комиссия постановила доработать разведчик. Найденное в процессе работы над Як-125Б размещение кабины штурмана конструкторы ОКБ-115 применили и на фронтовом разведчике Як-125, что позволило устранить замечание макетной комиссии относительно обзора. Фотоаппаратуру разместили перед штурманом и за кабиной пилота в среднем отсеке фюзеляжа. Вооружение и шасси остались прежними, но взлетный вес увеличился. 10 марта 1955 г. Совмин выпустил Постановление N448-271, согласно которому ОКБ Яковлева и саратовский завод N292 должны были построить 10 разведчиков Як-25Р войсковой серии.