Заказчиком А-12 выступало ЦРУ, поэтому ударные возможности для этой машины представлялись излишними. Однако Келли Джонсон хотел в полной мере реализовать потенциал своего детища: он считал, что ВВС также необходим скоростной высотный разведчик, обладающий способностью наносить удары по наземным целям. Дискуссии между Джонсоном и высшими чинами ВВС о возможности создания такого самолета велись, начиная с 1958 г., но официальное предложение фирме Локхид поступило лишь в марте 1962 г. К этому времени в "Сканк Уоркс" над проектом стратегического разведчика-бомбардировщика R-12 работали уже больше года. Макеты двух альтернативных вариантов (R-12 и RS-12) были готовы уже в апреле, а 4 июня макеты осмотрели высшие офицеры ВВС во главе с командующим, генералом Кертиссом Ли Меем. Ли Мей выступал против планов Джонсона, считая проект RS-12 дублером бомбардировщика ХВ-70 Валькирия. Конец спору положил Макнамара, "похоронивший" обе программы. Как ни странно, "похороны" RS-12 оказались виртуальными, хитрый Джонсон изменил расшифровку "RS" с "Reconnaissance/Strike" (разведывательный/ударный) на "Reconnaissance Strategic" (стратегический разведчик) и продолжил разработку "универсального А-12", как он сам называл RS-12. Именно об RS-12 говорил в своей июльской речи 1964 г. президент США Джонсон, - самолет в тексте фигурировал под обозначением RS-71, но президент перепутал буквы: с его языка слетело "SR" и прочно припечаталось к разведчику. В общем-то перемена букв местами в этой аббревиатуре смысла не меняет абсолютно - reconnaissance strategic или strategic reconnaissance. Индекс "71" обозначал следующий за разведывательным вариантом RS-70 (так и оставшемся виртуальным) бомбардировщика "Валькирия".

Контракт на изготовление шести прототипов "универсального А-12" фирма Локхид заключила в конце декабря 1962 г. Самолеты эти предназначались ЦРУ, а не ВВС, - военные все еще не могли решить, нужен им такой самолет или нет. Правда, один из инженеров, принимавших участие в программе, считает, что ВВС просто хотели спихнуть на ЦРУ часть финансового бремени - недаром офицеры настояли на присвоении проекту шифра R-12, подчеркивая таким образом, что это "всего лишь" модификация А-12. И все же оппозиция "SR" в ВВС была гораздо более сильной, нежели в ЦРУ. В начале 60-х годов в Штатах велись жаркие споры вокруг дальнейших путей развития стратегической технической разведки. ВВС не соглашались с существовавшим положением, когда стратегические самолеты-разведчики находились в ведении ЦРУ; в свою очередь, в Управлении нашли себе "новую игрушку" - спутники-шпионы с фотоаппаратурой, обладающей высокой разрешающей способностью. В какой-то момент стороны пришли к консенсусу - все самолеты-разведчики переходят в ведение ВВС, спутники же достаются ЦРУ. Можно сказать, в момент достижения этого самого консенсуса приказала долго жить программа А-12: военных больше устраивал SR. Хотя ЦРУ сумело сохранить за собой уже построенные А-12, наращивание численного парка этих машин исключалось. Не хватало средств даже на поддержание разведчиков в состоянии, пригодном к полетам. Окончательно в свои руки программу R-12 ВВС взяли весной 1963 г.

Первое заседание макетной комиссии состоялось 13 июня 1963 г. Военные в целом остались довольны, однако они постоянно возвращались к ранним идеям Келли Джонсона о возможности придания разведчику ударных функций. В августе 1963 Военно-Воздушные силы добавили к прежнему контракту еще 25 самолета, до общего количества - 31. Прототипом для стратегического разведчика SR-71 послужил четвертый опытный экземпляр перехватчика, известный под обозначением YF-12С, ставший промежуточной модификацией между перехватчиком и разведчиком. По сравнению с YF-12, фюзеляж удлинили на 0,91 м и вернулись к прежней форме боковых наплывов. В хвостовой части фюзеляжа установили увеличенный топливный бак. Главным отличием R-12 от А-12 являлось наличие второго члена экипажа, кабину которого оборудовали в секции, отведенной на А-12 под отсек с фотооборудованием. Окончательная сборка и оснащение самолета оборудованием велись не на заводе в Бербэнке, а в Палмдейле. Два грузовика перевезли на трейлерах 29 октября 1964 г. в Палмдейл огромные ящики с фюзеляжем и крыльями самолета. Повидимому, именно после прибытия самолета в Палмдейл и началось более тесное сотрудничество специалистов фирмы Локхид с военными , а обозначение SR-71 стало использоваться в качестве официального. Первые гонки двигателя на собранном самолете выполнили 18 декабря 1964 г., через три дня состоялась первая скоростная рулежка с отрывом от земли на высоту 12м. Ведущим летчиком-испытателем SR-71 был назначен "фирменный" пилот "Сканк Уоркс" Боб Гиллиленд.