По официальным данным в войне в Персидском заливе США потеряли лишь пять самолетов F-16C, причем один из F-16, по некоторым данным, был сбит с МиГ-23 ракетой Р-23. По другим сведениям общие потери F-16 в американских ВВС были в 1991г. небывало высоки: 32 самолета (для сравнения укажем, что в 1983-1989гг. было потеряно 78 самолетов F-16 при коэффициенте аварийности 4,74 на 100 тыс. летных часов, тогда как у двухдвигательного F/A-18, например, коэффициент аварийности за это время был 4,52) и можно предположить что часть из них - это все же замаскированные боевые потери. Поэтому нет ничего удивительного в том, что один из представителей администрации США назвал F-16 самым неэффективным самолетом во время войны в зоне Персидского залива. В то же время руководство американских ВВС указывает, что недостаточная эффективность самолета F-16 во время войны в Заливе была связана с отсутствием достаточного количества прицельных контейнеров маловысотной ночной системы LANTIRN. При использовании таких контейнеров и нового неядерного оружия точность ударов самолетов F-16, как утверждается, будет не ниже точности, обеспечиваемой применением самолетов F-111F и F-15Е.

Во время войны в Афганистане пакистанские F-16 сбили несколько афганских и один советский самолет из числа зашедших в воздушное пространство Пакистана. 13 сентября 1988г. два F-16 вылетели на перехват шести самолетов МиГ-23 афганских ВВС. Ведущему F-16 удалось сбить ракетами AIM-9P два МиГ-23, причем по одному из них после трех неудачных попыток захвата цели ракета была выпущена с расстояния около 2 км при выходе F-16 из перевернутого полета (в крене под углом около 130 град). Несколько позднее в этом же году двумя ракетами AIM-9P с F-16 был сбит один из афганских Су-22. Осенью 1988г. также произошел наиболее известный бой, во время которого пакистанский F-16, пилотируемый вторым лейтенантом Атером, сбил советский Су-25, управляемый полковником А.В. Руцким, ставшим впоследствии вице-президентом России. По пакистанским данным, четыре Су-25 нарушили пакистанскую границу, направляясь для бомбардировки позиций моджахедов. Атер по командам с земли был выведен для лобовой атаки ведущего Су-25. В исходный момент боя F-16 летел на высоте 1 500 м, а Су-25 на удалении 13 км пикировал с высоты 8 200 м. После обнаружения атакующего самолета штурмовик Су-25 вошел в боевой разворот для возвращения в афганское воздушное пространство. F-16, развив скорость около 930 км/ч на форсаже и набрав высоту 5 500 м, сократил до 4,5-5,5 км дистанцию до Су-25, вышедшего на высоту 7 300 м, и выпустил одну ракету AIM-9L, которая и поразила штурмовик. Крыло сбитого Су-25 установлено на постаменте у ворот пакистанской авиабазы Камра (близ Исламабада), недалеко от постамента выставлена и одна из пакистанских ракет AIM-9L. Атер был награжден "Звездой за храбрость". Один F-16 был сбит в Афганистане с советского самолета МиГ-23МЛД ракетой ближнего боя на встречном курсе.

27 декабря 1992г. над Ираком в зоне, запретной для полетов (южнее 32-й параллели), ракетой AIM-120 (AMRAAM), выпущенной с американского F-16, был сбит иракский МиГ-25. Это было первое боевое применение ракеты AIM-120. В ходе ударной операции по наземным целям на территории Ирака (командные пункты, ЗРК), состоявшейся 13 января 1993г., самолет F-16 (наряду с F/A-18) оказался самым неэффективным из американских боевых машин, принявших участие в этом рейде: перед шестью F-16 была поставлена задача поразить три радиолокационных комплекса с помощью свободнопадающих бомб Mk84 с высоты 3 000 м (для безопасности от огня малокалиберной зенитной артиллерии), но ни одна из целей не была уничтожена. Эффективность других американских самолетов в этом рейде, проходившем ночью в плохих погодных условиях также была низка (из 33 намеченных целей были поражены только 16).