На высоте 12 800 м и форсажном режиме работы двигателя самолет достигал установленного ограничения скорости 2 230 км/ч (М=2,1). Статический потолок с парой К-5М и подвесными баками (полетный вес 9700 кг) был 17500 м, а дальность с аналогичным снаряжением на высоте 11 км - 1 370 км (последний параметр на серийных Су-9У с баками в крыле был больше). 83 испытательных полета установили, что самолет позволял обучать и тренировать летный состав по перехвату воздушных целей, летевших со скоростью 800 - 1 600 км/ч на высотах до 20 км днем и ночью, в простых и сложных метеоусловиях. При этом рубеж перехвата по топливу был в пределах 105-130 км. Результаты доработок были признаны удовлетворительными и самолет был рекомендован к серии и для принятия на вооружение. Серийное производство самолета к концу 1961 г. освоил завод N30, всего до конца 1962 г. здесь было выпущено ровно 50 спарок (заводской индекс - "изделие 11"), получивших официальное обозначение Су-9У (кодовое обозначение НАТО - Maiden). На базе У-43 была создана ЛЛ Л-43 (изделие "94") для отработки средств аварийного покидания самолетов. По результатам этих испытаний сделали вывод, что кресла КС обеспечивают безопасное покидание самолетов на скоростях, соответствовавших числам М до 1,8 и высотах от 150 до 15 000 м. "Изделие 100Л-1". При отработке аэродинамической схемы стратегического ракетоносца Т-4 в аэродинамических трубах ЦАГИ исследовали более двадцати различных компоновок самолета и множество вариантов отдельных элементов - крыла, фюзеляжа, мотогондол и их взаимного расположения и сочетания. Результаты испытаний были проверены в полетах ЛЛ "изделие 100Л-1", созданной на базе Су-9.